Foldit, jocul video care permite utilizatorilor să contribuie la cercetarea în medicină prin modelarea structurii proteinelor

  • Medicina digitală



Foldit este un joc video care permite utilizatorilor modelarea lanțurilor proteice și împachetarea lor în scopul obținerii unor noi design-uri cu potențiale aplicații în medicină. Până la momentul actual jucătorii au ajutat la determinarea unei proteine aflată în legătură cu HIV, structură care a putut îmbunătăți activitatea unor enzime specifice.

Avantajul acestui software constă în faptul că jucătorii cu adevărat pricepuți se vor putea bucura de recompense în viața reală – crearea unor structuri cu posibile aplicații în domeniul medical, fie în obținerea vaccinurilor, fie în dezvoltarea medicamentelor biologice.

abonare

Jocul solicită în totalitate creativitatea persoanelor care îl accesează, fără a ține cont de capacitatea de coordonare mână-ochi a acestora. Tocmai din acest motiv, diversitatea moleculelor care pot fi obținute este spectaculoasă.

„Jucătorii pot crea o diversitate uimitoare de molecule. Iar proteinele nou formate nu sunt cu nimic mai prejos decât unele realizate de un doctorand, spre exemplu” – afirmă Brian Koepnick, PhD, Institutul pentru Design de Proteine.

Modelarea structurii cristaline a virusului Mason-Pfizer la maimuțe
În anul 2010, jucătorii Foldit au reușit să descifreze structura cristalină a virusului Mason-Pfizer la maimuță, o protează retrovirală. Virusul este cunoscut pentru determinarea unei afecțiuni asemănătoare SIDA la maimuțele Rhesus.
Sursă imagine: bigfishgames.com

Totuși, utilizatorii Foldit pot interacționa numai cu proteine deja existente, fiind imposibilă crearea de la 0 a unor noi structuri. Deși acest lucru reprezintă momentan un impediment, rezultatele obținute de către oamenii de știință care au pus bazele jocului, sunt încurajatoare.

„Crearea unor noi tipuri de proteine care nu există în natură a fost scopul nostru în ceea ce privește jocul de multă vreme, iar acest set de rezultate ne demonstrează că este un lucru posibil” – susține Seth Cooper, PhD, Khoury College of Computer Sciences at Northeastern University.

Principiul de funcționare al jocului este simplu – utilizatorilor li se oferă un lanț peptidic complet, extins și li se cere să modeleze o structură proteică împachetată și o secvență de aminoacizi care să codeze structura respectivă. Până în momentul actual, din 146 de secvențe modelate de jucătorii Foldit au fost codificate în gene sintetice. Dintre acestea, 56 s-au dovedit a fi exprimate și solubile în Escherichia coli, fiind de asemenea capabile să adopte structuri împachetate monomerice, stabile în interiorul soluțiilor.

Vizualizarea interfeței cu utilizatorul în jocul Foldit
Interfața cu utilizatorul a jocului Foldit.
Sursă imagine: bigfishgames.com

Ideea jocului Foldit a fost conturată încă din anul 2008, sub conducerea oamenilor de știință de la Universitatea din Washington (UW), Institutul pentru Design de Proteine. Acum, după multe îmbunătățiri aduse jocului, oamenii de știință de la UW precum și de la Universitatea Rutgers, Universitatea din Massachusetts Dartmouth și Universitatea Northeastern, se bucură de rezultate din ce în ce mai promițătoare.

Citește și: