Esențial COVID-19. Noi date infirmă teoriile conform cărora SARS-CoV-2 își poate integra materialul genetic în genomul celulei gazdă
Accesează Esențial Covid-19
Știrile săptămânii 31 mai – 6 iunie 2021:
Noi date infirmă teoriile conform cărora SARS-CoV-2 își poate integra materialul genetic în genomul celulei gazdă
Un studiu recent arată că nu există dovezi că SARS-CoV-2 își poate integra materialul genetic în genomul celulelor pe care le infectează. O echipă de la Universitatea Queensland a utilizat secvențierea genomică de tip Oxford Nanopore (ONT – Oxford Nanopore Technologies), o tehnologie care permite analiza unor fragmente lungi de acizi nucleici, pentru testarea unor linii celulare infectate cu SARS-CoV-2 in vitro. Conform autorilor, datele sugerează faptul că infecția cu SARS-Cov-2 in vivo nu poate determina fenomene de carcinogeneză pe termen lung și nici nu explică detectarea virusului în perioada de recuperare. Lucrarea este în curs de revizuire.
Toate celulele mamiferelor prezintă elemente transpozabile (secvențe care își pot schimba locul în genom) de tip L1 (LINE1). Acestea contribuie la formarea unor molecule de ARNm care codifică două proteine (ORF1p și ORF2p) necesare pentru schimbarea poziției L1. ORF2p acționează ca endonuclează și ca reverstranscriptază. Au existat studii în care a fost emisă ipoteza că SARS-CoV-2 poate interfera cu mecanisme în care sunt implicate elemente LINE-1 și să se integreze în genomul gazdei.
EMBL-EBI publică un rezumat al supravegherii genomice SARS-CoV-2 din Anglia
Datele utilizate în analiză provin din programul de supraveghere SARS-CoV-2 al Wellcome Sanger Institute, parte a COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) și descriu dinamica a 62 de variante virale, în perioada septembrie 2020 – mai 2021, din 315 regiuni administrative cu un număr de locuitori cuprins între o sută și două sute de mii, din Anglia. EMBL-EBI (European Molecular Biology Laboratory – European Bioinformatics Institute) este laboratorul european de biologie moleculară din cadrul Institutului european de Bioinformatică.
Principalele concluzii:
- La sfârșitul anului 2020, B.1.1.7 (Alpha, conform noii nomenclaturi OMS) s-a răspândit în ciuda unei serii de restricții, inclusiv un lockdown național în noiembrie și restricții pe niveluri regionale în decembrie, care au încetinit răspândirea altor variante, dar au fost insuficiente pentru a controla varianta Alpha, din cauza capacității crescute de răspândire.
- Între ianuarie și martie 2021, printr-un al treilea lockdown național s-a reușit controlul asupra variantei Alpha, eliminând de asemenea majoritatea variantelor care au fost dominante în septembrie și octombrie 2020.
- Variantele care conțin mutația E484K au rămas în circulație în ciuda acestei tendințe de reducere a transmisibilității, dar au fost în mare parte limitate la focare locale de scurtă durată.
- Varianta B.1.617.2 (Delta) a fost observată pentru prima dată în săptămâna 27 martie – 3 aprilie 2021, s-a răspândit în peste 200 de regiuni administrative și a fost depistată în peste 40% din genomurile virale secvențiate în săptămâna 8-15 mai 2021.
- Analiza variantei Delta indică faptul că rata sa actuală de creștere este cu 35% (între 20-50%) mai mare decât cea a variantei Alpha, cu cele mai mari rate de răspândire observate în nord-vestul Angliei. O astfel de capacitate de răspândire nu a fost observată pentru nicio altă VOC (Variants of Concern) sau VUI (Variants under investigation).
Accesați lista cu noile denumiri date de OMS, variantelor SARS-CoV-2.
Un chip de mărimea unui timbru are capacitatea de a realiza reacția în lanț a polimerazei (PCR) în 8 minute
Testarea RT-PCR reprezintă standardul de aur pentru diagnosticarea COVID-19 în actuala pandemie, însă consumă resurse și timp, ceea ce a dus la căutarea de alternative mai rapide și ușor de utilizat. O echipă de oameni de știință din cadrul National Research Foundation of Korea au dezvoltat un chip plasmofluidic care poate realiza analiza PCR în aproximativ 8 minute – o caracteristică foarte importantă pentru utilizarea în testarea la fața locului.
Chipul de polidimetilsiloxan (un tip de silicon) are mărimea unui timbru poștal. Când o picătură de probă este adăugată, lichidul este aspirat în microcamera destinată PCR. Dispozitivul a fost testat pe un fragment ADN care conținea o genă SARS-CoV-2 și a realizat 40 de cicluri de încălzire/ răcire și detectare a fluorescenței în doar 5 minute, cu încă 3 minute pentru încărcarea probei. Eficiența amplificării a fost de 91%, în timp ce un proces PCR convențional comparabil are o eficiență de 98%. Cu etapa de transcriptază inversă adăugată înainte de încărcarea probei, întregul timp de testare cu noua metodă ar putea dura 10-13 minute, spre deosebire de aproximativ o oră pentru testarea clasică RT-PCR.
OMS propune noi denumiri pentru variantele SARS-CoV-2, utilizând litere din alfabetul grecesc
Organizația Mondială a Sănătății a lansat un nou sistem de clasificare, pe bază de litere din alfabetul grecesc, pentru variantele SARS-CoV-2 de interes și îngrijorare. Conform OMS, deși au avantajele lor, denumirile științifice date variantelor pot fi dificil de rostit și ținut minte și predispun la raportări greșite. Drept urmare, oamenii se referă la variante în funcție de locurile în care sunt detectate, ceea ce este stigmatizant și discriminatoriu.
Noile denumiri nu înlocuiesc numele științifice existente (de exemplu, cele atribuite de GISAID, Nextstrain și Pango), care transmit informații științifice importante și vor continua să fie utilizate în cercetare.