UPDATE: Varianta B.1.1.7 a SARS-CoV-2, identificată și în România. Ce impact au noile variante asupra controlului pandemiei?




UPDATE 8 ianuarie 2021: Conform unei comunicări oficiale a Ministerului Sănătății, „una dintre tulpinile SARS-CoV-2 secvențiate în perioada 5-8 ianuarie 2021 la INBI Matei Balș se încadrează în varianta cu transmisibilitate crescută B.1.1.7 descrisă în Marea Britanie”.

Dr. Marius Geantă, președinte Centrul pentru Inovație în Medicină, a declarat: „Identificarea tulpinii B.1.1.7, în premieră în România, trebuie să crească nivelul de alertă epidemiologică, având în vedere că se transmite cu până la 70% mai repede și, conform datelor de până acum, primul caz este rezultatul transmiterii comunitare.

Unele tipuri de teste PCR pot ridica suspiciunea prezenței variantei B.1.1.7 (mai precis, una dintre modificări – deleția 69/70). Implicit, pe termen scurt, ca prim palier de supraveghere epidemiologică, este nevoie ca numărul testelor PCR efectuate zilnic să crească și să fie folosite kit-uri potrivite.

abonare

Apoi, trebuie introdus pe scară extinsă un nou palier diagnostic.

Testele PCR care indică suspiciunea trebuie să fie urmate de testarea prin secvețiere Sanger sau, mai potrivit, secvențiere de nouă generație (NGS) pentru a confirma/infirma prezența tulpinii B.1.1.7.

Pe termen mediu (câteva luni), trebuie implementat un sistem de secvențiere reflexă a SARS-CoV-2, conform unui algoritm, a cel puțin 10% dintre probele pozitive (pentru a identifica nu doar B.1.1.7, ci și alte variante și tulpini care vor mai apărea). Generarea, colectarea și analiza acestui tip de date ne vor ajuta să creștem rezoluția imaginii pandemiei în România și să putem lua decizii bazate pe date – de exemplu, de închidere/deschidere a școlilor sau de instituire a lockdown-ului (pe modelul din Israel, Marea Britanie sau Irlanda)”.

Conform aceleiași comunicări a MS, în perioada următoare va continua supravegherea prin epidemiologie moleculară a cazurilor suspecte. Pacienta în vârstă de 27 ani (la care a fost identificată varianta virală) este în stare clinică foarte bună, se află în izolare la domiciliu, supravegheată de medicul de familie.

MS atrage atenția că având în vedere contagiozitatea mai mare a acestei tulpini, în paralel cu Campania națională de vaccinare, măsurile de protecție rămân la fel de importante: purtarea corectă a măștii de protecție, evitarea aglomerațiilor, distanțarea și igiena mâinilor.


Evoluția virusului SARS-CoV-2: Impactul noilor variante identificate în Marea Britanie și Africa de Sud asupra controlului pandemiei

Pe 14 decembrie, autoritățile din Marea Britanie au raportat către Organizația Mondială a Sănătății (OMS) identificarea unei noi variante SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2 VUI 202012/01, cluster filogenetic B.1.1.7) prin secvențiere genomică. Această tulpină virală se răspândește rapid pe teritoriul Marii Britanii, iar cazuri de pacienți infectați cu noua variantă SARS-CoV-2 au fost raportate și în Hong Kong, Australia, Danemarca, Italia, Islanda, Olanda, Belgia, Finlanda, Franța, Germania, Norvegia, Portugalia, Spania, Suedia, Canada, India, Israel, Japonia, Coreea de Sud, Iordania, Elveția, Singapore și Liban. B.1.1.7 a fost depistat și în Statele Unite ale Americii (SUA), în Colorado și California, fără a se cunoaște informații despre cum a ajuns VUI 202012/01 să circule în populația SUA.

Până pe 28 decembrie, 3.538 de pacienți au fost infectați cu noua variantă de coronavirus. Majoritatea pacienților pozitivi fac parte din grupa de vârstă 15-49 de ani. Primul Ministru al Marii Britanii, Boris Johnson, a înăsprit restricțiile în perioada Crăciunului și a solicitat autorităților din alte țări europene să interzică călătoriile din Marea Britanie.

Datele colectate până în prezent sugerează o transmisibilitate mai ridicată între contacții B.1.1.7, fără a fi asociată cu o severitate mai ridicată a bolii COVID-19. Deși reinfecția este posibilă, rata de reinfectare este similară cu cea raportată pentru tulpinile circulante SARS-CoV-2.

Cu toate acestea, o variantă mai contagioasă a SARS-CoV-2 ar putea avea un impact semnificativ asupra controlului pandemiei (un impact chiar mai mare decât ar avea o variantă asociată cu forme mai severe).

Creșterea cazurilor COVID-19 UK
Marea Britanie se confruntă cu o creștere semnificativă a cazurilor COVID-19 în ultimele săptămâni. Sursa foto – ECDC

Modelul britanic: secvențierea genomică pe scară largă

Secvențierile masive ale SARS-CoV-2 care au avut loc în Marea Britanie au favorizat identificarea VUI202012/01. Deși noua variantă SARS-CoV-2 a fost identificată recent, informațiile obținute până în prezent despre această tulpină de coronavirus sunt numeroase raportat la perioada scurtă în care s-a desfășurat studierea sa. Aceste realizări sunt rezultatele unui sistem de supraveghere genomică foarte bine pus la punct în Marea Britanie. Identificarea și caracterizarea genomică rapidă și eficientă a noii variante SARS-CoV-2 au fost posibile datorită lansării în martie 2020 în Marea Britanie a celui mai mare proiect din lume de secvențiere a SARS-CoV-2 – Consorțiul COVID-19 Genomics UK (COG-UK). COG-UK are scopul de a asigura secvențierea a cât mai multe genomuri ale noului coronavirus. Datele genomice sunt analizate împreună cu cele clinice și epidemiologice, ajutând la ghidarea politicilor și intervențiilor de sănătate publică.

Secvențierea SARS-CoV-2 se desfășoară în Marea Britanie la o rată mult superioară celorlalte state. Spre exemplu, Departamentul de Sănătate Publică din Wales a secvențiat într-o săptămână 4.000 de genomuri, ceea ce reprezintă mai mult decât secvențierile care s-au realizat în Franța de la începutul pandemiei. COG-UK a urmărit evoluția genomului SARS-CoV-2 evaluând peste 150.000 de cazuri, ceea ce reprezintă jumătate din secvențierile genomului coronavirusului care au loc în întreaga lume.

Studii epidemiologice, virusologice și genomice sunt în desfășurare pentru a afla dacă noua variantă virală într-adevăr nu se asociază cu o boală mai severă, care este impactul modificărilor genetice asupra transmisiei virale, dacă afectează eficacitatea vaccinului contra COVID-19, cum influențează mutațiile dobândite răspunsul imun prin anticorpi, riscul de reinfecție etc. Toate aceste investigații sunt complexe și necesită mai mult timp și colaborare între grupurile de cercetători pentru a obține răspunsuri la întrebările cu privire la SARS-CoV-2 VUI 202012/01.

Cum a apărut noua variantă SARS-CoV-2?

Prin analiză de tip retrospectiv, a fost identificată prima apariție a SARS-CoV-2 VUI202012/01 pe 20 Septembrie, în Kent, în sud-estul Angliei. Este greu de stabilit dacă acest caz din Kent este primul pacient din lume infectat cu noua variantă SARS-CoV-2 sau tulpina a provenit din alt stat și a ajuns apoi pe teritoriul Marii Britanii. Pentru a stabili proveniența exactă a virusului ar trebui comparate datele genomice despre SARS-CoV-2 cu cele din alte țări. Deoarece rata secvențierii SARS-CoV-2 în alte state este mult inferioară celei din Marea Britanie, această analiză nu se poate realiza în condiții optime.

Nu este cunoscut modul în care a apărut această variantă SARS-CoV-2, însă cercetătorii au formulat ipoteze cu privire la condițiile favorizante pentru dobândirea mutațiilor care definesc B.1.1.7. Mutațiile apar în mod obișnuit în cursul replicării virale și pot fi favorizate de infectarea anumitor tipuri de gazde, precum pacienții imunocompromiși, deoarece eliminarea virusului are loc tardiv și virusul poate avea la dispoziție mai multe luni pentru a acumula modificări genetice.

VUI202012/01 ar fi putut să apară prin infectarea unei gazde imunocompromise. La baza acestei ipoteze se află un caz descris de virusologul Ravindra Gupta, de la Universitatea Cambridge. Pacientul investigat a fost diagnosticat cu COVID-19 în timp ce se afla în tratament pentru leucemie cu rituximab, terapie care acționează împotriva limfocitelor B, afectând producția de anticorpi. În ziua decesului pacientului, la 101 zile de la identificarea SARS-CoV-2, testarea pentru COVID-19 încă era pozitiv. În urma secvențierii genomului SARS-CoV-2 izolat de la acest pacient, au fost identificate mutații care ar putea ajuta virusul să evite anticorpii direcționați împotriva sa. Varianta SARS-CoV-2 a acestui pacient și VUI202012/01 au în comun o modificare genetică – deleția 69-70, care sugerează că noua variantă virală din Marea Britanie ar putea să apară în urma infectării unei gazde imunocompromise.

Selecția naturală poate favoriza replicarea virusurilor care pot să evite mecanismele sistemului imun de eliminare a infecției sau care sunt rezistente la diverse tratamente. Altă cale prin care virusul ar fi putut să dobândească noi mutații este răspândirea în rândul unei populații de animale, precum nurcile, înainte de a reinfecta gazde umane.

„Mari eforturi se desfășoară în prezent pentru caracterizarea variantei și înțelegerea apariției sale. Este important să menținem o perspectivă calmă și rațională asupra tulpinii, deoarece este o evoluție normală a virusului și ne așteptăm ca alte noi variante să apară și să circule cu timpul, a declarat Prof. Alan McNally, de la Universitatea din Birmingham, expert în microbiologie genomică.

Prin ce diferă noua variantă SARS-CoV-2 de celelalte tulpini virale circulante?

Noua variantă de coronavirus are un set distinctiv de mutații față de variantele identificate anterior, în număr de 23, ceea ce reprezintă un număr relativ crescut de modificări genetice. Majoritatea mutațiilor care apar în timpul replicării coronavirusurilor nu au niciun efect, dar cele identificate în tulpina B.1.1.7 par a influența răspândirea virusului.

Cele mai relevante modificări ale VUI202012/01 sunt reprezentate de:

  • mutația N501Y alterează un aminoacid prezent la nivelul domeniului de legare a receptorului (RBD) din proteina Spike și se asociază cu o afinitate de legare crescută față de receptorul de pe suprafața celulelor gazdă (ACE2);
  • mutația P681H, cu semnificație biologică, se află tot la nivelul RBD;
  • deleția din poziția 69/70 poate afecta performanța testelor de diagnosticare (PCR) care utilizează gena proteinei S ca țintă și de aceea este recomandată utilizarea testelor PCR care folosesc mai multe ținte.

Combinația dintre mutația N501Y și deleția 69/70 ar putea fi responsabilă de transmiterea ridicată a noii variante SARS-CoV-2. Poziția 501 este locul unde anticorpii neutralizanți acționează frecvent, ceea ce ar putea să scadă eficiența neutralizării virusului.

„Informația genetică a multor virusuri se poate schimba foarte rapid și uneori aceste schimbări pot fi în avantajul virusului, prin facilitarea transmiterii mai eficiente sau prin scăparea de vaccinuri sau tratamente, dar multe modificări nu au niciun efect. Chiar dacă o nouă variantă genetică a apărut și se răspândește în multe regiuni ale Marii Britanii și la nivel global, acest lucru poate avea loc pur și simplu din întâmplare. Prin urmare, este important să studiem orice modificări genetice care apar, să aflăm dacă afectează modul în care se comportă virusul și până nu am realizat această muncă importantă este prematur să ne pronunțăm despre impactul potențial al mutației virusului, a declarat Prof. Jonathan Ball, profesor de virusologie moleculară în cadrul Universității din Nottingham.

Care sunt consecințele modificărilor prezente în noua variantă SARS-CoV-2?

Noua variantă a coronavirusului pare a fi mai contagioasă decât celelalte tulpini circulante SARS-CoV-2, se răspândește rapid în sudul Marii Britanii, înlocuind numeroasele tulpini care au circulat în aceste regiuni în lunile precedente. Datele acumulate până în prezent sunt în favoarea unei tulpini virale care se răspândește mai rapid, studiile indicând o creștere a transmisibilității de peste 50%. Unii cercetători au semnalat posibilitatea ca această nouă variantă virală să se asocieze cu o rată de transmitere mai ridicată în cazul copiilor.

Rezultatele preliminare din studiile de cohortă nu au identificat o diferență semnificativă statistic între spitalizare și mortalitatea la 28 de zile pentru VUI202012/01, în comparație cu celelalte tulpini circulante SARS-CoV-2. Prin urmare, B.1.1.7 nu pare a se asocia cu o severitate mai ridicată a COVID-19.

Reinfecția după un prim episod de boală determinată de B.1.1.7 este posibilă, dar rata de reinfectare este similară cu cea a celorlalte variante circulante SARS-CoV-2.

„Conform informațiilor pe care le știm deja, nu alterează eficiența distanțării sociale, a măștilor faciale, a spălatului mâinilor, a dezinfectantelor și a ventilației, a afirmat Dr. Muge Cevik, specialist în boli infecțioase la Facultatea de Medicină, Universitatea St. Andrews.

Sunt vaccinurile contra COVID-19 eficiente și împotriva noii variante SARS-CoV-2?

Încă nu există date cu privire la eficacitatea vaccinurilor de tip ARNm aprobate recent în prevenția infecției cu noua variantă de coronavirus. B.1.1.7 conține 8 mutații în regiunea care codifică proteina spike, ceea ce poate determina modificări de formă care să afecteze eficiența cu care anticorpii se atașează de aceasta. Sistemul imun uman, însă, determină apariția a mai multe tipuri de anticorpi împotriva proteinei spike, ceea ce scade probabilitatea ca virusul să scape și infectarea să aibă loc în cazul subiecților vaccinați. Astfel, probabilitatea ca vaccinurile de tip ARN mesager împotriva COVID-19 care au fost aprobate să fie eficiente și contra noii tulpini virale este ridicată. Pentru a confirma aceste presupuneri, cercetătorii studiază modificările de formă ale proteinei spike în noile variante virale.

Ugur Sahin, directorul executiv BioNTech, a declarat că are încredere că vaccinul contra COVID-19 dezvoltat în colaborare cu Pfizer de compania pe care o conduce ar putea fi eficient împotriva noii tulpini care circulă în Marea Britanie. Pfizer/BioNTech vor studia în această perioadă mutațiile care ar putea interfera cu eficacitatea vaccinului.

Ce alte noi variante SARS-CoV-2 au fost identificate?

VUI202012/01 nu este singura variantă genetică SARS-CoV-2 identificată în ultimele luni. O diversificare a SARS-CoV-2 a fost observată la nivel global, fiind determinată de procesele de evoluție și adaptare.

În Arabia Saudită a fost secvențiată o tulpină virală (501.V2) care are în comun cu B.1.1.7 o serie de mutații, printre care modificarea N501Y din gena care codifică proteina spike. Numărul de genomuri SARS-CoV-2 secvențiate în Arabia Saudită este superior altor țări, ceea ce a favorizat identificarea noii variante virale. 501.V2 a apărut în Africa de Sud în timpul verii, deși în alte regiuni ale lumii, numărul de cazuri de COVID-19 avea o tendință de scădere în sezonul cald. Până în prezent, peste 300 de cazuri de infecție 501.V2 au fost depistate în Africa de Sud. Infecțiile cu 501.V2 au o prevalență mai ridicată în rândul populației tinere, care nu are comorbidități. Această variantă este distinctă de cea care circulă în Marea Britanie și se asociază cu o încărcătură virală mai înaltă și o răspândire mai rapidă și mai ușoară, fără a determina o severitate mai ridicată a bolii sau o mortalitate mai crescută față de celelalte tulpini circulante. Pe 22 decembrie, au fost identificate două cazuri de infecție cu 501.V2 în Marea Britanie, ambele fiind reprezentate de pacienți simptomatici, care s-au întors recent dintr-o călătorie în Africa de Sud. Un alt caz a fost identificat în Finlanda, tot într-un pacient care a călătorit în Africa de Sud.

Tulpina SARS-CoV-2 Africa de Sud
Pe 18 decembrie guvernul Africii de Sud a raportat o creștere a cazurilor de infecției COVID-19 determinată de o nouă tulpină. Sursa foto – ECDC

O altă variantă SARS-CoV-2 a fost identificată în Nigeria. Această tulpină virală are o origine diferită față de noile variante depistate în Marea Britanie și Arabia Saudită. Încă nu se cunosc multe informații despre noua variantă SARS-CoV-2 din Nigeria, dar a fost identificată și în această tulpină mutația din poziția 501 a genei proteinei spike.

Cum poate fi prevenită transmiterea noilor variante SARS-CoV-2?

Centrul European pentru Prevenția și Controlul Bolilor (ECDC) evaluează probabilitatea ca VUI202012/01 și 501.V2 să se răspândească în continuare ca fiind ridicată. Deși infecțiile produse de aceste variante virale nu par a determina o severitate crescută a bolii COVID-19, din cauza asocierii cu o rată de transmitere ridicată, ar putea avea un impact major asupra spitalizărilor și deceselor, mai ales în rândul pacienților vârstnici sau a celor cu comorbidități. ECDC recomandă ca autoritățile din domeniul sănătății publice și laboratoarele să accelereze analiza și secvențierea probelor izolate de la pacienți COVID-19. Trebuie testate imediat persoanele care au călătorit în zonele în care circulă noua variantă SARS-CoV-2 și identificați cât mai rapid contacții pentru a limita răspândirea. Dacă sunt identificate cazuri pozitive pentru noua tulpină a coronavirusului, trebuie transmise informațiile colectate către Uniunea Europeană. Este necesară monitorizarea subiecților vaccinați contra COVID-19 pentru a identifica potențiale eșecuri ale vaccinului în prevenția infecției cu noua variantă SARS-CoV-2. Este important să fie transmis populației să mențină strict aderența la măsurile non-farmacologice și să evite călătoriile și activitățile sociale.

„Până când o proporție mare a populației nu a fost vaccinată sunt necesare măsuri drastice de distanțare socială pentru a controla această variantă mai contagioasă a COVID-19. Toată lumea care poate să fie vaccinată ar trebui să primească vaccinul”Prof. Axel Gandy, Imperial College London

WHO subliniază importanța măsurilor de bază care reduc riscul general de transmitere a infecțiilor respiratorii acute:

  • Evitarea contactului apropiat cu persoane care suferă de infecții respiratorii acute;
  • Spălarea frecventă pe mâini, în special după un contact direct cu persoane bolnave sau mediul acestora;
  • Persoanele cu simptome de infecții respiratorii acute trebuie să mențină distanța față de ceilalți oameni, să se spele pe mâini și să își acopere gura când strănută sau tușesc;
  • Purtarea măștii și asigurarea unei ventilații eficiente;
  • În unitățile medicale, creșterea măsurilor standard de prevenție și control a infecțiilor

Citește și: