Testarea genomică, asociată cu creșterea supraviețuirii în cel puțin 20 de tipuri de cancere
În domeniul în continuă evoluție al tratamentului cancerului, testarea genomică devine o componentă esențială. Cercetătorii de la Genentech și Universitatea Stanford au publicat recent un studiu în Nature Communications, care evidențiază potențialul datelor genomice în îmbunătățirea îngrijirii cancerului. Prin analiza profilurilor genomice și istoricului tratamentelor pentru 78.287 de pacienți cu cancer din SUA, echipa a identificat 776 de modificări genomice care se asociază cu rata de supraviețuire în 20 de tipuri de cancer.
În ciuda disponibilității unui volum vast de date despre mutații genetice, doar un număr limitat dintre acestea sunt asociate cu tratamente validate. Acest decalaj evidențiază necesitatea unor date pe scară largă, din lumea reală, pentru a conecta descoperirile genomice cu aplicațiile clinice.
Studiul a utilizat baza de date clinico-genomică Flatiron Health-Foundation Medicine din SUA (FH-FMI CGDB), o resursă importantă derivată din aproximativ 280 de clinici oncologice americane. Această bază de date a furnizat cercetătorilor profiluri detaliate ale mutațiilor somatice, istoricul tratamentelor și rezultatele privind supraviețuirea pentru pacienții cu 20 de tipuri de cancer, inclusiv cancer pulmonar avansat non-microcelular, cancer de sân metastatic și cancer ovarian.
Au fost identificate 95 de gene semnificativ asociate cu supraviețuirea globală (OS) în cel puțin un tip de cancer. De exemplu, mutațiile în TP53, CDKN2A și CDKN2B au fost constant asociate cu rate de supraviețuire mai scăzute în mai multe tipuri de cancer. Aceste descoperiri sunt în concordanță cu cercetările anterioare și evidențiază rolul acestor gene în progresia cancerului.
Echipa a explorat, de asemenea, interacțiunile gene-tratament, descoperind 776 de asocieri semnificative între anumite mutații genetice și rezultatele supraviețuirii cu terapii specifice. Această lucrare extinde un studiu anterior, care a identificat 458 de interacțiuni gene-tratament în opt tipuri comune de cancer folosind un set de date mai mic. Prin extinderea analizei lor pentru a include 12 tipuri suplimentare de cancer și 1,5 ani suplimentari de date, s-au făcut pași importanți în înțelegerea modului în care mutațiile genetice influențează eficacitatea tratamentelor.
S-a utilizat învățarea automată pentru a prezice răspunsurile la tratament în anumite tipuri de cancer. De exemplu, echipa de la Stanford a dezvoltat un instrument AI pentru a prezice răspunsul la imunoterapie în cazul unui tip de cancer pulmonar, demonstrând potențialul inteligenței artificiale în extinderea strategiilor terapeutice. În plus, analiza căilor moleculare a dezvăluit cum mutațiile din anumite căi sunt corelate cu răspunsurile la tratament, oferind o înțelegere mai profundă a mecanismelor moleculare care stau la baza progresiei cancerului.
Acest studiu subliniază valoarea imensă a testării genomice în îngrijirea cancerului. Prin identificarea mutațiilor care prezic răspunsurile la tratament, testarea genomică permite clinicienilor să adapteze terapiile pentru fiecare pacient, maximizând eficacitatea și minimizând efectele secundare inutile.
Mai mult, integrarea datelor genomice cu dosarele electronice de sănătate (EHR) a deschis noi perspective de cercetare. Datele clinico-genomice din lumea reală, așa cum demonstrează acest studiu, pot identifica grupuri de control pentru studiile clinice, pot rafina criteriile de eligibilitate și oferi perspective asupra impactului tratamentelor. Această capacitate este importantă într-un domeniu în care studiile clinice tradiționale captează rareori complexitatea și diversitatea populațiilor reale de pacienți.
Pentru a valorifica pe deplin potențialul testării genomice, sunt necesare studii suplimentare care să exploreze aplicabilitatea mai largă a acestor descoperiri. Extinderea bazelor de date clinico-genomice masive va fi esențială în acest efort, permițând identificarea de noi biomarkeri și dezvoltarea de terapii mai eficiente.
Prin integrarea acestor instrumente în cercetarea cancerului, oamenii de știință pot descoperi noi interacțiuni gene-tratament și căi moleculare-tratament, deschizând calea pentru strategii terapeutice mai precise și mai eficiente.
Testarea genomică cuprinde diverse metodologii concepute pentru a analiza informațiile cuprinse în genomul uman, având scopul de a diagnostica boli, de a prezice răspunsurile la tratamente și de a ghida medicina de precizie. Testarea monogenică se concentrează pe examinarea unei gene specifice pentru mutații, fiind foarte țintită și eficientă din punct de vedere al costurilor, dar limitată ca amploare. Testarea panourilor genice extinde abordarea, analizând simultan grupuri de gene legate de afecțiuni sau tratamente specifice, cum ar fi identificarea mutațiilor din EGFR sau KRAS în cancerul pulmonar. Testarea genomică comprehensivă (CGP) merge mai departe, utilizând tehnologia NGS pentru a analiza sute de gene, identificând mutații somatice, fuziuni genice și încărcătura mutațională tumorală. Alte abordări extinse, cum ar fi secvențierea întregului exom (WES) și secvențierea întregului genom (WGS), oferă informații detaliate despre regiunile codante și necodante ale genomului, fiind valoroase pentru tulburări genetice rare și cercetare, deși sunt mai costisitoare și complexe.
Tipuri suplimentare includ testarea liniilor germinale, care identifică mutații moștenite ce predispun la afecțiuni ereditare, și testarea somatică, care se concentrează pe modificările genetice specifice celulelor tumorale. Fiecare tip de testare genomică are aplicații clinice distincte, CGP remarcându-se prin amploarea și utilitatea sa în oncologia de precizie. Totuși, factori precum costurile, provocările interpretării datelor și preocupările etice trebuie luate în considerare cu atenție în implementarea acestor instrumente în practica clinică.
Citește și
- Noi recomandări ASCO: testarea genomică somatică ar trebui să fie parte din standardul clinic pentru tumorile solide avansate
- #EHU. Ce beneficii aduc datele genomice pentru cetățenii europeni? Inițiativele 1+million Genomes și Genome of Europe