STUDIU. Testele genetice adresate direct consumatorului determină în peste 80% din cazuri rezultate fals pozitive atunci când sunt folosite pentru identificarea mutațiilor rare




Testele genetice adresate direct consumatorului conduc în peste 80% din cazuri la rezultate fals pozitive atunci când sunt folosite pentru detectarea unor variante genetice rare. Doar 16% din 5.000 de modificări genetice rare care pot cauza boli detectate prin testele pentru polimorfismele uninucleotidice (SNPs) pot fi confirmate prin secvențierea ADN-ului. Datele provin dintr-un studiu publicat în British Medical Journal, care inclus peste 50.000 de persoane.

Atunci când este utilizată pentru identificarea mutațiilor genelor BRCA1 și BRCA2, care se asociază cu un risc crescut de cancer mamar și ovarian, testarea SNP are o valoare pozitivă predictivă de 4,2%. Autorii studiului subliniază importanța realizării controlului calității și consideră că aceste teste pot fi utilizate în continuare, însă companiile ar trebui să realizeze teste de conformare înainte de a raporta clienților rezultatele.

abonare

Pare că o variantă foarte rară, care cauzează o boală, detectată prin testarea SNP, are o probabilitate mai ridicată de a fi un rezultat greșit decât corect, au menționat co-autorii studiului, Caroline Wright, profesor de medicină genomică la Universitatea din Exeter, Marea Britanie, și Michael Weedon, profesor asociat de bioinformatică și genetică umană la Universitatea din Exeter.

Polimorfismele uninucleotidice (SNPs) reprezintă o formă de variație genetică, care constă în modificarea unui singur nucleotid (unitate ce intră în alcătuirea ADN-ului). Majoritatea SNPs nu au o semnificație clinică, însă anumite variante pot fi asociate cu un risc de apariție a unor boli. Testarea pentru polimorfisme uninucleotidice este realizată de diverse companii prin teste adresate direct consumatorului (direct-to-consumer). Pentru identificarea SNPs este utilizată metoda SNP chip, o tehnică de tip microarray, ce constă în utilizarea de oligonucleotide specifice pentru detectarea variantelor.

Implicațiile descoperirilor noastre sunt foarte simple: SNP chips au o performanță scăzută pentru detectarea variantelor genetice foarte rare și rezultatele nu ar trebui să fie utilizate niciodată pentru a ghida îngrijirea medicală a pacientului, dacă nu au fost validate, a declarat Leigh Jackson, lector de medicină genomică la Universitatea din Exeter, co-autor al studiului.

Testarea SNP a stat la baza unor decizii clinice importante până în prezent

Ideea studiului a pornit de la raportările clinicienilor, care au constatat că existau pacienți programați pentru proceduri medicale invazive care nu erau necesare și nici justificate, deciziile terapeutice fiind luate pe baza testărilor SNP, care s-au dovedit apoi a fi rezultate fals pozitive.

Pentru realizarea studiului, cercetătorii au utilizat date din UK Biobank pentru a testa acuratețea testelor SNP în identificarea genelor rare care determină apariția unor boli. 49.908 dintre subiecți, care aveau în istoric atât testare SNP, cât și secvențiere de nouă generație (NGS), au fost incluși în studiu. NGS are o acuratețe ridicată în identificarea variantelor rare.

“Acest set de date de dimensiuni ridicate ne-a permis să investigăm sistematic performanța SNP chips la nivelul a milioane de variante genetice cu un interval larg de frecvențe, până la cele prezente la mai puțin de 1 din 100.000 de indivizi, au adăugat Wright și Weedon.

Rezultatele obținute au fost apoi comparate cu datele provenite de la un grup restrâns de subiecți din “Personal Genome Project“. Studiind datele colectate de la acești subiecți, autorii studiului au descoperit că aproximativ fiecare individ are cel puțin o variantă care poate cauza o boală, care a fost detectată în mod eronat prin SNP chip.

“SNP-urile sunt unealta greșită pentru realizarea obiectivului nostru, atunci când este vorba de variante rare. Sunt excelente pentru variante comune, care sunt prezente la numeroși indivizi, dar cu cât este mai rară varianta, cu atât este mai puțin probabil să fie capabile de a o detecta corect, a menționat Wright.

După realizarea testării SNP, este recomandată consultarea unui specialist care poate interpreta rezultatele acestor teste și care poate identifica problemele legate de un control al calității necorespunzător. Un motiv de îngrijorare pentru cercetători este faptul că, adesea, oamenii încarcă datele neprelucrate pe diverse platforme care realizează o analiză genetică a variantelor, fără a fi evaluat anterior nivelul controlului calității acelor rezultate.

„Aceste date neprelucrate conțin în continuare rezultate eronate. Unele dintre acestea pot fi foarte greșite și totuși legate de boală”, a adăugat Wright.

În acest context, Centrele pentru Control și Prevenție a Bolilor din SUA consideră că un test genetic de tip „direct-to-consumer” nu poate oferi o înțelegere completă a riscului de apariție a unei boli. Este recomandată colaborarea cu medici specialiști și consilieri genetici, care pot interpreta rezultatele, evalua riscul și stabili cum se va realiza managementul fiecărui caz în parte.

Citește și: