STUDIU. Un test de biopsie lichidă permite diagnosticul şi monitorizarea cancerelor solide la copii, în cazurile în care biopsia standard nu este posibilă
Un nou test de biopsie lichidă permite stabilirea unui diagnostic de precizie în cazul cancerelor solide pediatrice și ar putea reprezenta o alternativă la biopsia clasică atunci când aceasta nu poate fi realizată. Testul a fost dezvoltat în cadrul spitalului de pediatrie din Los Angeles (Children’s Hospital Los Angeles, CHLA) iar cele mai recente date cu privire la eficacitatea sa au fost publicate în NPJ Precision Oncology. Acesta ar facilita stabilirea prognosticului, monitorizarea cazurilor precum şi identificarea de noi terapii adresate cancerelor solide la copii. Metoda presupune analiza ADN-ului liber din plasmă (cell-free DNA, cfDNA) pentru a identifica modificări ale numărului de copii ale genelor (copy number alterations, CNAs) şi fuziunile genice.
Principalele rezultate obținute în studiu:
- Rata detecţiei CNAs a fost de aproximativ de 70%, la pacienţii înrolaţi la diagnostic şi care nu au urmat un tratament anterior testării
- 67% dintre pacienţii înrolaţi la diagnostic cu boală localizată au avut un profil anormal al numărului de copii, acesta fiind unul dintre puţinele studii care demonstrează aplicabilitatea biopsiei lichide la pacienţii pediatrici cu neoplasme solide, în stadiul de boală localizată
- La grupul de control, nu au fost identificate CNAs somatice
Tumorile pediatrice cuprind un grup heterogen de neoplazii rare şi reprezintă 40% dintre cancerele diagnosticate la copii. Caracterizarea citogenetică şi moleculară a acestor tumori este realizată cu scop diagnostic, dar şi pentru a stabili prognosticul şi, la unii pacienţi, pentru a ghida terapia.
Dezvoltarea unui test specific de tip biopsie lichidă pentru tumorile pediatrice este necesară, deoarece aceste neoplazii au caracteristici genetice diferite faţă de cancerele diagnosticate la adulţi. La copii, apariţia tumorilor maligne este determinată adesea de modificări ale numărului de copii ale genelor sau de fuziuni genice. Incidenţa cancerelor pediatrice este scăzută, dar numărul de subtipuri histologice şi genomice este crescut, indicând că testarea pan-cancer, împreună cu ţintirea specifică, ar putea să fie abordarea adecvată la aceşti pacienţi.
Noua metodă combină o tehnică de secvenţiere a întregului genom numită LP-WGS (Low-Pass Whole Genome Sequencing) cu secvenţierea ţintită a ADN-ului liber din plasmă, pentru a detecta CNAs, mutaţiile şi fuziunile genice. LP-WGS permite analiza simultană a mai multor probe într-un secvenţiator, astfel că analiza poate fi realizată concomitent pentru mai multe probe, cu costuri scăzute şi, de asemenea, este adecvată pentru aplicaţiile pediatrice, copiii având un volum sanguin mai scăzut.
Au fost analizate 143 de probe de plasmă, colectate de la 73 de copii cu cancere pediatrice şi 19 pacienţi non-oncologici din grupul de control. Tipurile tumorale maligne incluse au fost reprezentate de 44 de sarcoame osoase sau ale ţesuturilor moi, 12 tumori renale, 10 ale celulelor germinale, 5 hepatice şi 2 tiroidiene. A fost analizat ADN-ul liber din probe de plasmă colectate la diagnostic, pe parcursul şi după tratament, precum şi atunci când au apărut recăderi.
CNAs identificate de LP-WGS au fost în concordanţă cu cele depistate prin microarray din probe colectate de la nivel tumoral. Pentru a evalua sensibilitatea testului, au fost utilizate rezultatele secvenţierii ţintite cu ajutorul testului OncoKids, dezvoltat tot în cadrul CHLA, fiind disponibile profilurile tumorale pentru 58 de tumori primare sau metastatice. La 26 de pacienţi, au fost depistate mutaţii în genele implicate în cancer semnificative statistic. În total, 16 mutaţii patogene sau probabil patogene identificate cu OncoKids au fost depistate la 14 dintre pacienţii cu ajutorul LP-WGS.
A fost apoi dezvoltat un panel de captură bazat pe hibridizare care ţinteşte fuziunile genelor EWSR1 şi FOXO1 la pacienţii cu sarcom Ewing, respectiv rabdomiosarcom alveolar. Aceste fuziuni au fost depistate în plasma a 10 din 12 pacienţi cu sarcom Ewing şi la ambii pacienţi cu rabdomiosarcom alveolar.
Echipa din cadrul CHLA a lansat în noiembrie 2022 prima versiune a acestui test, care a evaluat modificările numărului de copii cromozomiale în probe de sânge, lichid cefalorahidian şi umoarea apoasă a ochiului pentru a ajuta la diagnosticul tumorilor solide, tumorilor cerebrale, respectiv retinoblastomului.
Citeşte şi:
- #AACR20. Biopsia lichidă poate identifica precoce peste 50 de tipuri de cancere
- STUDIU. Toate cazurile de cancere pediatrice ar trebui testate pentru mutații ereditare
- OMS lansează prima clasificare a tumorilor pediatrice care ia în considerare caracteristicile genomice