Aplicarea scorurilor de risc poligenic în practică: 10 teste au fost validate în premieră pentru boli cardiovasculare, cancer și diabet
Un nou studiu publicat în Nature Medicine arată că scorurile de risc poligenic (PRS, polygenic risk score) pot fi implementate cu succes în practica medicală, contribuind la prevenţia personalizată a 10 dintre cele mai comune afecțiuni care determină o povară semnificativă pentru sistemele de sănătate şi societate, bolile cardiovasculare, cancer, diabet, anumite boli respiratorii și renale. Identificarea acelor persoane cu PRS crescut pentru o anumită afecţiune permite iniţierea măsurilor de limitare a riscului de dezvoltare a bolii, de progresie a bolii sau de instalare a complicaţiilor.
Până în prezent PRSs erau utilizate predominant în cercetare, tranziţia acestora în îngrijirea pacienţilor fiind limitată de implicaţiile aplicării în context clinic, pe populaţii diverse şi de stabilirea modului în care acestea ar trebui să influenţeze managementul ulterior al fiecărui caz pozitiv. Noul studiu descrie metodologia de selectare, optimizare şi validare a scourilor de risc poligenic pentru a realiza tranziţia PRSs din cercetare în clinică.
Această realizare aparţine consorţiului multicentric eMERGE (Electronic Medical Records and Genomics network), care reprezintă o colaborare între experţi în domenii precum genomica, statistica, etica, informatica şi medicina clinică, având scopul de a accelera descoperirile în genomică şi implementarea acestora în practica medicală, abordarea fiind bazată pe integrarea informaţiilor din bazele de date genomice şi dosarele electronice de sănătate.
Din 2016 până în 2020, au fost secvenţiate 109 gene de la 25 000 de persoane. Rezultatele au fost transmise clinicienilor şi pacienţilor şi ataşate la dosarul electronic al pacienţilor. Apoi, în cadrul eMERGE, a fost constituită reţeaua pentru evaluarea şi managementul riscului genomic, care este focusată pe validarea şi implementarea metodelor de stabilire a riscului genetic, combinând informaţiile genomice, istoricul familial şi factorii de risc clinic. Această reţea cuprinde 10 instituţii clinice şi un centru de coordonare.
PRSs validate de eMERGE au fost aplicate în cadrul fluxului de lucru clinic pe primele 2500 de persoane incluse în studiu. Dintre aceştia, peste 20% au prezentat scoruri ridicate pentru minim una dintre afecţiunile evaluate. Numărul de persoane care au prezentat valori ridicate ale scorului de risc poligenic pentru una dintre bolile evaluate a fost în concordanţă cu cifrele estimate. În etapele următoare va fi evaluat modul în care utilizarea acestor scoruri de risc poligenic ar putea influenţa managementul pacienţilor incluşi în studiu.
Scorurile de risc poligenic estimează probabilitatea unei persoane de a dezvolta o anumită boală pe parcursul vieţii, pe baza variantelor genetice detectate şi care au fost caracterizate drept asociate cu afecţiunea respectivă prin studii de asociere la nivelul întregului genom (GWAS, genome-wide association study).
Există numeroase PRSs care au fost dezvoltate pentru a evalua riscul de dezvoltare a variate boli. Implementarea acestora în context clinic, însă, a fost limitată de aplicabilitatea acestora pe persoane cu origine genetică variată, precum şi de stabilirea deciziilor clinice specifice care ar trebui să urmeze obţinerii rezultatelor. Majoritatea scorurilor de risc poligenic au fost dezvoltate pe date genetice provenite predominant de la persoane de descendenţă europeană.
Consorţiul multicentric eMERGE a avut drept scop în ultimii ani îmbunătăţirea, validarea şi implementarea clinică a scorurilor de risc poligenic. Realizarea acestor obiective presupune extinderea datelor utilizate cu includerea a persoane de descendenţă şi etnicitate variată, evaluarea performanţei PRSs, stabilirea pragurilor de risc ridicat, selectarea acelor afecţiuni evaluate prin PRSs care au atât acurateţe ridicată, cât şi posibilitatea acţionabilităţii în urma unui rezultat pozitiv.
Pentru a optimiza aplicarea PRS pentru o diversitate de persoane, au fost identificate acele scoruri care au fost testate pe minim două grupuri de origine diferită (asiatică, hispanică sau latină, africană sau afroafricană, descendenţă europeană). Cele 10 afecţiuni incluse au fost reprezentate de: fibrilaţie atrială, cancer mamar, boala cronică renală, boala coronariană, hipercolesterolemie, cancer de prostată, astm, diabet zaharat de tip 1, obezitate şi diabet zaharat de tip 2.
Pentru fiecare boală, au fost identificate acele poziţii din genom utilizate pentru a calcula scorul de risc poligenic şi s-a verificat dacă acestea pot fi genotipate cu acurateţe crescută. Apoi, a fost analizat modul în care variantele genetice diferă între populaţii pe baza datelor a peste 13 000 de persoane din cadrul proiectului All of us şi a fost dezvoltată o metodă de calcul pentru a ajusta scorul în funcţie de descendenţă.
Citeşte şi:
- Ghid NIH: noi standarde pentru raportarea și calculul scorurilor de risc poligenic în studii
- STUDIU. Folosirea scorurilor poligenice în strategiile de prevenție a bolilor cardiovasculare, cost-eficientă la nivelul sistemului de sănătate din SUA
- STUDIU. Riscul de trombembolism la femeile care utilizează anticoncepționale orale poate fi evaluat printr-un scor de risc poligenic